Nghị định 68/2016/NĐ-CP nêu rõ 5 trường hợp chấm dứt hoạt động kho ngoại quan gồm:
Doanh nghiệp không duy trì các điều kiện nêu trên hoặc chấm dứt hoạt động của chủ kho cũ trong trường hợp chuyển quyền sở hữu kho ngoại quan.
Doanh nghiệp có văn bản đề nghị chấm dứt hoạt động kho ngoại quan gửi Tổng cục Hải quan.
-Quá thời hạn 6 tháng kể từ khi có quyết định công nhận nhưng doanh nghiệp không đưa kho ngoại quan vào hoạt động.
Quá thời hạn tạm dừng hoạt động nhưng doanh nghiệp không có văn bản thông báo hoạt động trở lại.
Trong 12 tháng doanh nghiệp 3 lần vi phạm hành chính về hải quan liên quan đến hoạt động của kho ngoại quan và bị xử lý vi phạm hành chính bằng hình thức phạt tiền với mức phạt cho mỗi lần vượt thẩm quyền xử phạt của Chi cục trưởng Chi cục Hải quan.
6 điều kiện công nhận kho ngoại quan gồm:
Khu vực đề nghị công nhận kho ngoại quan phải nằm trong các khu vực theo quy định tại khoản 1 Điều 62 Luật hải quan ; khu vực đã được cơ quan có thẩm quyền phê duyệt tại quy hoạch phát triển hệ thống trung tâm logistics trên địa bàn cả nước; địa bàn ưu đãi đầu tư; khu vực phục vụ hoạt động xuất khẩu hàng hóa nông, lâm, thủy sản sản xuất tập trung.
Kho ngoại quan được ngăn cách với khu vực xung quanh bằng hệ thống tường rào, đáp ứng yêu cầu kiểm tra, giám sát thường xuyên của cơ quan hải quan, trừ kho nằm trong khu vực cửa khẩu, cảng đã có tường rào ngăn cách biệt lập với khu vực xung quanh.
Bảo đảm điều kiện làm việc cho cơ quan hải quan như nơi làm việc, nơi kiểm tra hàng hóa, nơi lắp đặt trang thiết bị kiểm tra hải quan, kho chứa tang vật vi phạm theo quy định của Bộ Tài chính.
Kho ngoại quan phải có diện tích tối thiểu 5.000 m 2 (bao gồm nhà kho, bãi và các công trình phụ trợ), trong đó khu vực kho chứa hàng phải có diện tích từ 1.000 m 2 trở lên. Đối với kho ngoại quan chuyên dùng để lưu giữ một hoặc một số chủng loại hàng hóa có yêu cầu bảo quản đặc biệt thì phải có diện tích tối thiểu 1.000 m 2 hoặc thể tích chứa hàng tối thiểu 1.000 m 3 . Riêng đối với kho ngoại quan nằm trong khu vực cảng phải có diện tích tối thiểu 1.000 m 2 . Bãi ngoại quan chuyên dùng phải có diện tích tối thiểu 10.000 m 2 , không yêu cầu diện tích kho.
Có phần mềm đáp ứng các tiêu chí: Quản lý hàng hóa nhập, xuất, lưu giữ, tồn trong kho ngoại quan theo từng mặt hàng, đối tượng mua hàng, tờ khai hải quan; đáp ứng yêu cầu sao lưu, kết xuất dữ liệu để phục vụ công tác báo cáo, thống kê, lưu trữ và được nối mạng trực tiếp với cơ quan hải quan quản lý.
Có hệ thống ca-mê-ra đáp ứng các tiêu chí: Quan sát được các vị trí trong kho ngoại quan. Hình ảnh quan sát được vào tất cả các thời điểm trong ngày (24/24 giờ); dữ liệu về hình ảnh ca-mê-ra được lưu giữ tối thiểu 12 tháng; hệ thống ca-mê-ra được kết nối trực tiếp với cơ quan hải quan quản lý.
Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan ban hành chuẩn trao đổi dữ liệu giữa cơ quan hải quan và doanh nghiệp kinh doanh kho ngoại quan về phần mềm quản lý hàng hóa đưa vào, đưa ra, hệ thống camera giám sát.